Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 06/4/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung khoản 1 và khoản 2 Điều 13 của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung theo Luật số 31/2013/QH13 về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.
Căn cứ quy định tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung Điều 10 Nghị định 209/2013/NĐ-CP về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.
Căn cứ quy định tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC về hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư.
Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, trường hợp Doanh nghiệp có dự án đầu tư mới tại tỉnh khác, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế; Chi nhánh tại tỉnh đó chưa có sổ sách theo dõi riêng (sổ sách do chủ đầu tư theo dõi), chưa mở tài khoản ngân hàng, chi nhánh chỉ được chủ đầu tư giao quản lý, theo dõi tiến độ và báo cáo tiến độ dự án thì Công ty lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện, số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh trong kỳ của cơ sở kinh doanh tại trụ sở chính. Việc kê khai, khấu trừ, hoàn thuế thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế.
